คณะวิศวกรรมและอุตสาหกรรมเกษตร มหาวิทยาลัยแม่โจ้ เป็นหน่วยงานทางวิชาการที่มุ่งเน้นการจัดการศึกษา การวิจัย การบริการวิชาการ และการพัฒนาองค์ความรู้ด้านวิศวกรรม อุตสาหกรรมเกษตร อาหาร และเทคโนโลยีที่เกี่ยวข้องกับภาคการเกษตรและอุตสาหกรรมของประเทศ โดยมีเป้าหมายสำคัญในการผลิตบัณฑิตที่มีความรู้ ความสามารถ และทักษะการปฏิบัติงานจริง สามารถนำองค์ความรู้ไปประยุกต์ใช้เพื่อพัฒนาสังคม เศรษฐกิจ ชุมชน และภาคอุตสาหกรรมได้อย่างมีประสิทธิภาพ
การดำเนินงานของคณะมีพื้นฐานจากการบูรณาการองค์ความรู้หลากหลายสาขา ทั้งด้านวิศวกรรมเกษตร วิศวกรรมอาหาร วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร เทคโนโลยีหลังการเก็บเกี่ยว และเทคโนโลยีที่เกี่ยวข้องกับวัสดุและผลิตภัณฑ์ทางการเกษตร เพื่อสร้างความเข้มแข็งทางวิชาการและตอบสนองต่อความต้องการของประเทศในด้านบุคลากรที่มีความเชี่ยวชาญเฉพาะทาง
ตลอดระยะเวลาที่ผ่านมา คณะได้มีการพัฒนาหลักสูตร งานวิจัย และการบริการวิชาการอย่างต่อเนื่อง เพื่อให้สอดคล้องกับการเปลี่ยนแปลงของเทคโนโลยี เศรษฐกิจ และสังคม โดยมุ่งเน้นการเรียนรู้ที่เชื่อมโยงกับการปฏิบัติจริง การพัฒนานวัตกรรม และการสร้างความร่วมมือกับหน่วยงานภาครัฐ ภาคเอกชน ชุมชน และเครือข่ายทางวิชาการทั้งในประเทศและต่างประเทศ
